HACCPは食品を衛生的に生産できる施設、設備すなわちGMPの条件下でSSOPを遵守した時、効果的に作動します。
なぜならHACCPシステムは基本的な衛生管理が効果的に実行されるのを前提条件で重点的に管理しなけ ればならない点を把握し集中管理するシステムだからです。

GMPとSSOPが先行しないことにはHACCPシステムが効率的に稼動できないため、GMPとSSOPはHACCP適用のための先行要件プログラムということになります。

先行要件プログラム(GMP, SSOP)の条件を充足できない工場の場合、科学的・技術的に複雑な安全性関連事項を 取り扱うHACCP管理計画が遂行し難くなります。適切な先行要件を運営できなくなれば危害要素分析が困難になり、必須管理点をもっと多くまたは少なく設定することになる恐れがあります。